臺灣特有種。分布於臺灣北部低海拔山區及平地。國家藥用植物園園區內經常可聽見翡翠樹蛙的鳴叫聲，且可在步道旁植物體上發現其蹤跡，族群量穩定。

肚定

臺灣特有亞種。分布於臺灣中部(南投縣及臺中市)以北以及東北部(宜蘭縣)低海拔山區及平地。國家藥用植物園園區內白天或夜晚都可於喬木及灌木的枝條上發現正在活動或休息的個體，族群數量穩定。

壯溪樹蛙

臺灣特有種。分布於臺灣全島1,000公尺以下溪流環境。國家藥用植物園園區內可於步道或橋梁建築上偶見零星個體。

臺灣特有種。分布於臺灣中北部低海拔山區及平地。國家藥用植物園園區內於冬季繁殖期 時可聽見零星臺北樹蛙的叫聲，但數量不多。

銀環蛇、手巾蛇、白節仔

分布於臺灣全島低海拔1,000公尺以下山區及平地。在國家藥用植物園園區內，在夜間行走時可偶於水溝邊坡或地面上發現。

臺灣特有種。分布於雪山山脈北側之中低海拔1,500公尺以下山區及平地。在國家藥用植 物園園區內，可於步道兩旁樹上或灌叢中發現。

錦蛇、家蛇、黑眉錦蛇

分布於臺灣全島中低海拔2,000公尺以下山區及平地。在國家藥用植物園園區內可在工務所周邊環境發現其蹤跡。

火赤鏈、赤鏈蛇

廣泛分布於臺灣全島低海拔1,500公尺以下山區及平地。在國家藥用植物園園區內，在夜間行走時可偶於步道看見正在地面活動的個體。

臺灣特有種。分布於臺灣西部地區海拔1,000公尺以下低海拔山區及平地。在國家藥用植物園園區內，可於步道旁看見正在曬太陽的個體。

蝘蜓、銅蜓蜥、肥豬(台語)

廣泛分布於臺灣全島海拔1,500公尺以下低海拔山區及平地。是臺灣產蝘蜓屬中分布最廣且最常見的蜥蜴。國家藥用植物園園區內，在好天氣的白天，可於步道旁草叢看見正在曬太陽的個體。

梅花蛇、黑背白環蛇

分布於臺灣全島中海拔1,500公尺以下山區及平地。在國家藥用植物園園區內，在夜間行走時可偶於水溝邊坡或樹上發現。

尖尾兩頭蛇

分布於臺灣全島中海拔1,500公尺以下山區及平地。在國家藥用植物園園區內，僅於步道石縫中發現一隻個體。

烏梢蛇、烏鳳蛇、黃風蛇

分布於臺灣全島海拔2,000公尺以下山區及平地，但以海拔500公尺以下山區及農墾地較為常見。在國家藥用植物園園區內，可偶於步道看見正在地面活動的個體。

赤尾鮐、竹葉青、焦尾巴

分布於臺灣全島中低海拔2,000公尺以下山區及平地。在國家藥用植物園園區內，在夜間行走時可偶於水溝邊坡或樹上發現。

烙鐵頭、牛角花(台語)

分布於臺灣全島中海拔1,500公尺以下山區及平地。在國家藥用植物園園區內，偶可於地面上發現正在活動的個體。