臺灣蟾蜍、癩蝦蟆

臺灣特有種。廣泛分布於臺灣全島3,000公尺以下的山區、丘陵及平地區域。在國家藥用 植物園可發現穩定的族群數量，常可在園區內的步道上發現其蹤跡。

癩蝦蟆

普遍分布於臺灣全島500公尺以下的平地及山區，屬於臺灣低海拔地區相當常見的兩棲類。在國家藥用植物園偶可發現零星個體，但數量並不多。

田蛙、沼蛙、水雞(台語)

廣泛分布於臺灣全島海拔1,200公尺以下低海拔區域。國家藥用植物園園區內偶可在步道發現單獨的個體。

大頭蛙

分布於臺灣中北部海拔500公尺以下區域。國家藥用植物園園區內偶見零星個體。

闊褶蛙

廣泛分布於臺灣全島2,000公尺以下山區及平地，但海拔1,000公尺以下山區為其主要分布區域。國家藥用植物園園區內可在步道上偶遇拉都希氏赤蛙個體，也可在步道旁水溝中發現，族群量穩定。

廣泛分布於臺灣全島海拔1,200公尺以下區域。國家藥用植物園園區內靜水域環境中偶可聽到腹斑蛙響亮的鳴叫聲。

艾氏跳樹蛙

分布於臺灣北部及西部2,000公尺以下的森林、竹林等區 域。國家藥用植物園園區內經常可從高處的喬木上傳來艾氏樹蛙的鳴唱聲，族群量穩定。

臺灣特有種。分布於臺灣北部及西部中低海拔1,200公尺以下的山區及平地。在繁殖期時，國家藥用植物園園區內的溪邊低矮灌叢中，常可發現正在鳴叫的個體。

尖鼻赤蛙、鳥蛙、棕背蛙

臺灣特有種。廣泛分布於臺灣全島海拔2,500公尺以下溪流環境。斯文豪氏赤蛙是國家藥用植物園園區內最優勢的兩棲類物種，不論白天或夜晚皆可聽見斯文豪氏赤蛙的鳴叫聲，常可在步道旁石壁或石縫中發現休息或正在鳴叫的個體，族群量相當多且穩定。

蛇舅母

臺灣特有種。分布於臺灣北部到東部立霧溪以北低海拔山區及平地。國家藥用植物園園區內可於工務所及步道入口附近芒草、灌叢中偶見正在休息的個體。

藍尾石龍子

是臺灣產石龍子分布海拔最廣的物種。分布於臺灣全島及離島海拔2,500公尺以下山區及平地。在國家藥用植物園園區內，可於步道旁看見正在曬太陽的個體。