白腹鼠耳蝠、高山鼠耳蝠

本種為李玲玲等人於1996年首次於臺中武陵地區發現，暫時命名為高山鼠耳蝠或白腹鼠耳蝠。根據Ruedi et al.(2015)外部形態與分子的研究，本種與分布於廈門與海南地區的華南水鼠耳蝠( M. laniger Thomas, 1895)屬於同一物種，故發表為臺灣新紀錄種。在臺灣西半部零星分布於中高海拔的山區，但在東半部可於低海拔區域發現。在藥園區內及周邊區域曾捕獲多隻個體，應屬本區優勢種蝙蝠之一。

臺灣特有種。主要棲息於全島低至中海拔山區，為森林性蝙蝠。目前尚未發現其棲所及群集。在藥園區內有捕獲紀錄。

果子貍、黑腳香

臺灣特有亞種。「野生動物保育法」修定為其他應予保育野生動物。臺灣各海拔山區皆有 分布，但以中低海拔山區為主；棲息地以闊葉林為主，偶而可在如果園之開墾地發現。目 前民間飼養繁殖之數量不少，野生族群之現況則並不清楚，但普遍面臨些許的捕捉壓力。 在藥園區內雜林地及溪流域偶可看到或發現其食痕(如山棕果實)。

舊稱大足寬吻鼠耳蝠

廣泛分布於全臺灣各海拔森林地區，但以中低海拔較常見；曾於低海拔廢棄礦坑發現聚集之群集。本種最早由周政翰於2004年研究描述(當時暫稱為大足寬吻鼠耳蝠)，直至2015年始由Ruedi et al.確定其分類地位並發表為 Myotis secundus，為臺灣新的特有種蝙蝠。在藥園區僅測錄發現其超音波。

山豬

臺灣特有亞種。普遍分布於全島山區及丘陵地，由低海拔山麓至海拔3,000公尺左右均有其蹤跡。通常活動於芒草區、人類之農作區、山谷河邊。臺灣局部地區有時因人類墾植與野豬活動區域重疊，因而會發生野豬侵擾農作物事件。在藥園區內偶而可目擊活動個體，或發現其拱地的跡象。

棕簑貓、膨尾狸

主要分布於低至中海拔山區森林及溪流附近，故溪流生態的破壞及水源污染對其生存之影響大。「野生動物保育法」列為珍貴稀有保育類。在藥園區內族群數量應不多，在溪流域及周邊雜林地有機會看到，但其生性敏感，並不容易發現。

羌仔、麂、吠鹿 (英名為barking deer)

臺灣特有亞種。野生動物保育法2008年列為其他應予保育野生動物。由低海拔至海拔3,000公尺之山區森林均有分布，天然闊葉林或混生林較常發現。臺灣昔日狩獵野生動物的活動及山產店野生動物買賣行為盛行年代，臺灣山羌是山產野味中頗受歡迎的野生動物，因此面臨著強大之盜獵壓力。在藥園區內臺灣山羌數量不少，雖然目擊得機會不高，但經常可以聽到其如狗吠之叫聲。

九節貓、筆貓、七仔

臺灣特有亞種。「野生動物保育法」列為珍貴稀有保育類野生動物。在臺灣的分布以全島低海拔山麓至海拔1,000公尺左右之山區為主，以濃密的原始闊葉林為主要棲息環境。由於其麝香腺發達，可作香料之原料，而毛質甚佳，可做高級毛筆材料，昔日有被捕捉利用的壓力。在藥園區周邊雜林地及溪流域偶可發現，但是族群數量應不多，生性敏感，並不容易目擊看到。

臺灣特有亞種，廣泛分布於臺灣平地至中海拔山區的森林，能適應人類干擾的棲地環境，因此都市公園或校園亦可發現其蹤跡。獵食時隱身於樹林枝頭，伺機捕食鼠類、兩棲爬行類及中、小型鳥類，亦會偷襲巢中雛鳥。在國家藥園內或附近山區，可見到鳳頭蒼鷹在空 中盤旋，並下壓快速地抖動雙翼。

臺灣發現的東方蜂鷹可能是不普遍的留鳥、普遍的過境鳥或夏、冬候鳥。留鳥在臺灣主要棲息於低至中海拔山區的森林，過境期則會出現在平地樹林。嗜食蜜蜂成蟲、幼蟲、蛹及 蜂蠟，在樹林間發現蜂巢後就飛落巢上，嘴腳並用破巢啄食，也常出現於山區人工養蜂場。亦會捕食其它昆蟲、兩棲爬行類及小型鳥類等。在國家藥園內或附近山區，偶爾可見到東 方蜂鷹在空中盤旋或直線滑翔。

臺灣特有亞種，廣泛分布於臺灣低至中海拔的森林。常見單獨或成對在高空盤旋，亦常停棲於山區高大樹木、電線桿或電塔的頂端。在空中盤旋或停棲時，常發出響亮的鳴叫聲，聲如「揮、揮、揮悠－揮悠－」。通常在林緣或開闊地周邊，捕食兩棲爬蟲類、鼠類及蜈 蚣等，因嗜食蛇類，故被稱為「蛇鵰」，另因其頭部冠羽明顯，又有「大冠鷲」之別稱。獵食時可以在固定位置上停留很久，注視著地面上的獵物，伺機俯衝獵捕。在國家藥園內或附近山區，在晴朗的白天常可見到蛇鵰在空中盤旋，也常聽見其發出「揮、揮、揮悠－揮悠－」的鳴叫聲。