悶鼠(臺語)

臺灣鼴鼠在臺灣的分布相當廣泛，主要出現在西部地區之平地及中低海拔山區。在翡翠水庫只要是土層鬆軟的林地底層或農墾地都偶可發現那壟起於地面、長條狀的地道。

大夜婆

普遍分布於臺灣全島海拔1,600公尺以下之低、中海拔地區之天然洞穴、人工隧道或廢棄建築物中，亦有棲息於橋墩下者，附近環境多為接近溪流水域之開墾地或次生闊葉林。在翡翠水庫的雜林地上空，曾發現其體型大而易辨識的蹤跡。

長指蝠、長翼蝠

東亞摺翅蝠在臺灣分布廣泛，各地自低海拔的岩洞至中、高海拔的森林山區均有發現紀錄； 冬季亦會活動於海拔2,500公尺的高山中。在藥園區內有捕獲紀錄。

灰麝鼩

臺灣特有亞種。臺灣本島自平地、低海拔丘陵地、山麓，一直到中海拔山區都有分布；棲息地以闊葉林、開墾地或草生地的底層為主。翡翠水庫的雜林地內或邊緣偶爾可見。

臺灣彩蝠

雖然分類地位尚待確定，但目前資料顯示應為臺灣特有種。廣泛棲息於臺灣中、低海拔地區之森林、竹林或農墾區。曾發現棲息在竹洞、竹節裂縫或香蕉捲曲嫩葉中，通常為單隻或2-11隻個體聚集在同一棲所內，對棲所的使用天數不長，往往只住幾天就會移棲他處。在藥園區有捕捉紀錄，但不常見。

廣泛分布於全臺灣各海拔山區，棲居於岩洞、隧道、水圳中。在翡翠水庫偶可發現，而臨近水庫的坑洞中可發現小群個體聚集。

國姓鼠、白腹仔

臺灣特有種。在臺灣的分布甚廣，主要棲息於海拔200-1,500公尺之低、中海拔山區，為本區域範圍的優勢鼠種，其棲地與樹林有密切相關，以闊葉林、混生林為主，偶會出現在林緣的草生地，並會侵入工寮住屋內。翡翠水庫之雜林地常見。

棕蝠

臺灣特有亞種，為低、中海拔普遍分布種。棲所多樣，曾經發現的棲居處包括人工隧道、橋墩狹縫或檳榔樹之葉基部等；群集數量從幾隻至近百隻不等。在藥園區僅測錄發現其超 音波。

大飛鼠、紅飛鼠

臺灣特有亞種。主要棲息於中、低海拔山區各類森林，但以闊葉林及混生林為主，高海拔地區較少見。翡翠水庫的雜林地常見。

膨鼠(臺語)

本種在臺灣的分布相當廣泛，各海拔之闊葉林、針葉林、次生林及墾植地皆可見到牠靈巧的身影，但以低、中海拔較常見。翡翠水庫的雜林地常見。

臭貍、花臉貍、小豚貓

臺灣特有亞種。普遍分布於低、中海拔山區，通常棲居於原始闊葉林、灌叢區及開墾地。曾出現在海拔2,100公尺的高山地區。在藥園區直接看到鼬獾的機會不高，但由紅外線自動相機拍得的許多照片顯示，鼬獾應是本區優勢的哺乳類之一。

皺鼻蝠

廣布於日本、韓國、中國南部和臺灣。在臺灣目前僅零星發現於都會區、中低海拔山區及 離島海岸，但由所測得超音波資料顯示其分布應相當廣泛，偶有誤闖民宅而被拾獲的紀錄。 在藥園區內僅測錄發現其超音波。

無別稱

臺灣特有種。廣泛分布於臺灣各海拔山區，以中低海拔山區較常見，為臺灣最常見的管鼻蝠屬蝙蝠。在藥園區內及周邊區域曾捕獲多隻個體，應屬本區優勢種蝙蝠之一。

臺灣鯪鯉、拉厲(台語)

臺灣特有亞種。「野生動物保育法」列為珍貴稀有保育類野生動物。主要棲息在山麓至海 拔1,000公尺左右之山區，但以海拔300-500公尺左右之闊葉林或次生林較常見。近年來臺灣野生動物保育意識抬頭，捕捉壓力有減輕現象，但因棲息環境多已遭到開發墾植，野 生族群己然稀少。在藥園區內偶可發現其挖掘的洞穴，但紅外線自動相機僅拍得一張照片，顯示數量並不多。

臺灣特有種。廣泛分布於全島各海拔山區，為森林性蝙蝠。棲息地包括竹林、竹闊葉混林、人造林、針闊葉原始林等。在藥園區僅測錄發現其超音波。